La FSSS ha cinque commissioni

Commissione Immersioni – La CI coordina e sostiene le regioni, le sezioni e i club di subacquei in tutto ciò che è di interesse per le immersioni –  ad esempio nel caso di apertura e mantenimento di luoghi di immersione.

Commissione della Comunicazione – La ComCom è l'ufficio della FSSS che si occupa della diffusione pubblica delle informazioni che sono collegate alle attività e agli obiettivi della FSSS.

Commissione Foto-Video – La CFV è l'ufficio della FSSS che si occupa di tutti gli argomenti riguardanti l'utilizzo dei mezzi di comunicazione visivi nel mondo subacqueo.

Commissione Ambiente – La CA è l'ufficio della FSSS che si occupa di tutte le questioni ambientali.

Commissione Archeologiae – La CA è l'ufficio della FSSS che si occupa di archeologia subacquea.